本署辦公廳舍舊址位於新竹市北區中正路一百三十六號，前身最早為日據時期明治二十八年設置之「臺灣總督府法院新竹支部」，管轄一市八郡，至民國二十六年改制為「臺灣新竹地方法院檢察局」，管轄當時之新竹州。臺灣光復後，於民國三十四年十二月十四日由張首席檢察官光祺代表接收，改稱為「臺灣新竹地方法院檢察處」，轄區為今之桃園縣、新竹縣、市及苗栗縣。
     民國五十一年，曹院長偉修、吳首席檢察官治規劃將原日式辦公廳舍結構改建為二層RC磚造建築，民國五十二年一月二十日落成，迄今歷經五十餘寒暑。民國六十二年六月、八十六年一月臺灣桃園地方法院檢察處、臺灣苗栗地方法院檢察署分別設立，本署轄區雖縮減至新竹縣、市，但人口數卻隨科學園區之發展急速攀升，現已逾九十五萬人。隨著全縣市人口激增，案件量也隨之大增，復為配合政府司法改革及多元施政的理念，檢察署編制及員額逐年增加，老舊之辦公廳舍雖不斷擴充仍不敷使用；加上原有辦公廳舍設備過於簡陋，無法因應檢察業務多元發展之需求，難以面對犯罪類型多樣化之挑戰，勢需另覓適合土地辦理遷建以因應未來發展。
     經本署陳前檢察長雲南極力奔走，首於民國九十三年一月間呈報法務部同意以無償取得土地之方式辦理遷建。民國九十四年三、四月間洪前檢察長威華任內，經行政院同意由國有財產局無償撥用五公頃多國有土地，嗣由新竹縣政府徵收後依比例分配取得機關用地二公頃餘。民國九十七年四月間吳前檢察長慎志與新竹縣政府協商確定遷建基地，民國九十七年十二月間宋前檢察長國業任內正式取得新竹縣竹北市自強段三百一十地號，合計面積二公頃又三點五八平方公尺的建築基地。
     民國九十七年年底取得土地所有權後，宋前檢察長國業即綿密推動遷建案之中長程計畫，歷經朱家崎、周志榮、彭坤業等歷任檢察長接續努力遷建工程的細部規劃，從外觀設計、籌措經費、編列預算、內部裝修到設備採購等，漸次完成擬定遷建中程計畫及爭取分年編列預算，共計獲配建築總經費新臺幣六億又六百六十六萬八千元及室內裝修與設備採購總經費新臺幣九千零六萬三千元，期間招標過程，雖遭遇多次流、廢標，但經相關人員共同努力後，終於在民國一百年十一月間，完成水電空調工程發包，另於十二月間，完成建築景觀工程發包，新辦公大樓之興建工程正式脫離了紙上作業階段，於民國一百零一年三月十七日動土開工，由時任法務部曾部長勇夫、最高法院檢察署黃檢察總長世銘及臺灣高等法院檢察署顏檢察長大和親臨偕同新竹縣市長、立法委員等人聯合主持動土儀式，共同見證本署新建大樓邁入新的里程碑。
     在歷任檢察長帶領之下，新辦公大樓順利於民國一百零三年四月二十五日竣工，一百零四年二月落成啟用。地址為新竹縣竹北市興隆路二段一百六十一號，座落在頭前溪北側，緊臨三十米莊敬南路與三十米興隆路口，位於竹北交流道、六十八號東西向快速道路自強南路出口及高鐵新竹站附近，交通十分便捷，為地下二層、地上七層，建築總面積一萬九千九百點二四平方公尺之現代化鋼筋混凝土構造辦公大樓，辦公廳舍遷移至竹北市後，可望帶動當地之繁榮。
     本新建辦公大樓係以環保、綠化、節能的綠建築標章為設計概念，並融入城市風貌，採用「空間親民化、環境公園化」之規劃理念，於建物周邊廣置景觀綠帶、閒適庭園及親民步道，為新竹縣民提供環保、寧靜的生態休憩新綠地，未來孩子們的笑語歡顏，將融化地檢署冷冰冰的「衙門」形象，展現友善的司法環境，並提供優質而貼心的司法服務。